对此，黄巢十分恼怒，无论他准备攻打某个城池时，似乎那个城池守军都能事前知道一般，导致他十战中至少六战不能建功。
可他却始终抓不住方承天，也找不到奸细是谁，他本想一路打到长安，却因为这些原因，一路辗转反复，败多胜少，降了又反，被唐军逼得一路南下，来到了岭南，大军又染上疾病，若不是方承天以前公开的疾病药方起效，他的大军损失将更惨重。
不过这黄巢也当得起枭雄之称，痛定失痛，领着草军回返荆浙，一路上用尽缓兵、诈降等计，连破数城，势如破竹，终于攻战了他向往已久的洛阳。
黄巢大军日渐强盛，方承天为了保住自己的实力，袭扰次数渐渐减少。
黄巢以洛阳为根本，几日后便进军长安，一路上唐军守将纷纷降于他，声势一时无两，连天子听了传闻，也狼狈逃往了咸阳，他们就这样顺利进入了长安城，翌日即皇帝位，国号“大齐”，建元金统，并大赦天下。
他当了皇帝后，自认天下已落入他手，开始享乐，不思进取，说话也不再像以往那般顾虑，终于有一天，在朱温的酒攻之下，他半醉之间，说出了当年玄尘之死的经过。
原来，玄尘是因为发现了他们建舂磨砦，以百姓血肉为军粮，被其残忍杀害了的。
朱温得知此消息后，第一时间告诉了方承天。
方承天大悲，难怪一直找不到师父的尸体，原来是被那黄巢做成了军粮。
朱温也十分愤怒，对方承天道：“方小神医，我不日便要离开黄巢，回到唐军中了，你接下来准备怎么做？”
方承天咬牙道：“以牙还牙，以血还血。”
很快，朱温反了黄巢，投靠了朝廷，直接让黄巢损失了大部兵力。
而南依霜也在方承天、朱温的帮助下，率领门下弟子，大败武林各派，成为了武林盟主，也杀了假扮玄尘的那个家伙，将他的丑恶嘴脸公诸于众，还了玄尘神医清白。
有了武林各派高手加入，水军数量直接增长到五万余人，方承天又找朱温要了许多军资武器，与唐军李克用合攻长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安，一路抢到陈州。
一路上，黄巢再不藏匿，直接将食人作坊建在军营边上，黄巢大军以人肉为军粮的事顿时传遍天下，百姓人人自危，对黄巢的怒意直线上升，守城之心坚决无比，以至于黄巢大军围困陈州数百天，仍不能攻下，只是苦了周边村镇百姓，全都变成了黄巢大军的军粮。
为了防止方承天的水军补唐军误伤，在朱温的协调下，水军全部归入了李克用所部，大败黄巢大军。
黄巢率残兵败将向东北方向逃去，方承天率兵一路追杀到封丘。
这一日，暴雨倾盆，黄巢带着散兵近千人，冒雨东奔兖州，逃到了泰山狼虎谷的襄王村，被方承天大军所围，节节战败，被方承天擒下之时，沙陀博野军赶到了。
方承天担心黄巢被抢，威逼黄巢侄子林言，让他以黄巢兄弟的首级冒充黄巢，向沙陀军投降，而他则绑了黄巢，来到了他师父遇害的地方，将黄巢碎尸万段，为师父报了仇。
大仇得报，他无意官场，数万水军的去留便成了问题。
本来想带着裴思诗和南依霜归隐的方承天，只好带着誓死都要跟着他的众将士，建立了玄药堂，统领武林，传医授典，普济天下。
（全书完）
